肝内胆管结石的诊断，除了在临床上提高对本病的认识外，确诊主要依靠影像学的检查发现。主要应用的影像学技术有B超、CT和X线胆道造影。
1、B超诊断
B超是肝内胆管结石诊断的首选方法，一般估计诊断准确率为50%-70%。肝内胆管结石的超声图象变化较多，一般要求在结石远端的胆管有扩张才能作出肝内胆管结石的诊断，因肝内管道系统的钙化也具有结石样的影像表现。
2、CT诊断
因肝内胆管结石主要是含胆红素钙的色素性结石，钙的含量较高，故在CT照片能清楚地显示出来，CT的诊断符合率为50%-60%。CT还能显示出肝门的位置、胆管扩张及肝脏肥大、萎缩的变化，系统地观察个层面CT照片，可以了解结石在肝内胆管分布的情况。
3、X线胆道造影
X线胆道造影（包括PTC、ERCP、TCG）是用于肝内胆管结石诊断的经典方法，一般均能作出正确的诊断，PTC、ERCP、TCG的诊断符合率为80%-90%、70%-80%、60%-70%。X线胆道造影应满足诊断和手术的需要，一个良好的胆道造影片应能够全面了解肝内胆管系统的解剖学变异和结石的分布范围。胆道造影应注意以下问题：
（1）应有多方位X线摄片；
（2）某一肝段或肝叶胆管不显影时，应注意鉴别，结石梗阻只是其中的原因之一，应作其它检查进行鉴别；
（3）不要满足某一处病变的诊断，因可能会造成漏诊；
（4）在分析胆道造影片时，尽可能取得最近的造影片，因病情可能有进展。
早期肝内胆管结石病的诊断
目前，临床上治疗的肝内胆管结石病多因出现了胆管炎、胆管狭窄、梗阻、肝萎缩等严重病理改变才就诊，尽管肝胆外科影像学诊断和手术技术有了很大的进展，但手术后结石复发率和再手术率高的现状仍无显著的改善，因此，对肝内胆管结石进行早期诊断和治疗可能是改变这一现状的关键。早期肝内胆管结石诊断包括：
（1）慢性右上腹部疼痛、不适可排除其它疾病；
（2）B超提示肝内胆管结石（应与肝内其它管道系统的钙化鉴别）；
（3）CT提示肝内有多发性结石影，且呈节段性分布；
（4）ERCP证实某段肝胆管有结石者。
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